正解はブラウザに要素の変更予定を事前に通知してパフォーマンスを最適化することです。will-change: transformのように指定するとブラウザがGPUレイヤーを事前に作成するなどの最適化を行います。過度な使用はメモリ消費が増えるため注意が必要です。