正解は「履歴の繋がりが全くない2つのリポジトリをマージしようとした時」です。例えば、ローカルで新規作成したリポジトリと、GitHubで初期化(README作成など)したリポジトリをマージする場合などです。`--allow-unrelated-histories` オプションを付けることで強制的にマージできます。